新书推介:《语义网技术体系》
作者:瞿裕忠,胡伟,程龚
   XML论坛     W3CHINA.ORG讨论区     计算机科学论坛     SOAChina论坛     Blog     开放翻译计划     新浪微博  
 
  • 首页
  • 登录
  • 注册
  • 软件下载
  • 资料下载
  • 核心成员
  • 帮助
  •   Add to Google

    >> Biomatics, Gene Ontology(基因本体)
    [返回] 中文XML论坛 - 专业的XML技术讨论区计算机技术与应用『 生物信息学 』 → ===数据格式问题=== 查看新帖用户列表

      发表一个新主题  发表一个新投票  回复主题  (订阅本版) 您是本帖的第 11475 个阅读者浏览上一篇主题  刷新本主题   树形显示贴子 浏览下一篇主题
     * 贴子主题: ===数据格式问题=== 举报  打印  推荐  IE收藏夹 
       本主题类别:     
     dongyikun 帅哥哟,离线,有人找我吗?
      
      
      等级:大一新生
      文章:4
      积分:67
      门派:XML.ORG.CN
      注册:2008/1/9

    姓名:(无权查看)
    城市:(无权查看)
    院校:(无权查看)
    给dongyikun发送一个短消息 把dongyikun加入好友 查看dongyikun的个人资料 搜索dongyikun在『 生物信息学 』 的所有贴子 引用回复这个贴子 回复这个贴子 查看dongyikun的博客楼主
    发贴心情 ===数据格式问题===

    我从DBTSS数据库下载的启动子数据(promoter)
    数据格式如下:
    1,1 389834 1 3 NM_001013655 chr4_random 0 736550 1 1 1 822589 735715
    AACTGACCTCCACTTATCTTGCTGCCTGGATTGGCATACATATTCCTCTGCCTGAAAAATTGCTCAATACTTTTGAAAGGTTGTTTCTCACTGTTACACCCAGGCATTTCTGCTAACACCAGCTGAGTTGTAAGGGGCCCTCCAGGAGACCTAGGTTGTTCTCCTTATCACATACATTATTTTCATTTATCAATTTACCCAGAACATCTAATGAAATATTATGGACACCAATAACATGAATACAAATATAGCTATAGACCCTAAAAAGTAAATTGATGTCTCTTGAAAGGCTGTCATGTCTTAGATGCTAAATTTGGAGTATGTGTTTGTAATAAATAAATAGCTTGCTTTAATAATTCTGATTTATGAATGTAATATAGGGGAGCAGCTTTTATTTCGCCCTTAATCTTAAAaaacaattagctgggtgtggtggtgggcacctgtagtcccagctactcaggaggctgaagcaggaggatggtgtgcacctgggaggcggagcttgcagtaagccaaaattgtgccactgcactccagcctgagtgacagtgtgagactctgtctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaGATCATACATGGAGTAAATGATGATTTAGCATAAAACACAACTTTAGCCTAAAATACAGATCATAGGGCTCAAACTTTGTTATTTTATGGGATTATACTAATCAGTTAATATTCAAAATTTACCATTTCAAAAGAAGAAATATTGGTCAGGGAAAATTGCCATTGCTTATACAGAAGAATGGAGGAATCTTTTTGACAACAACAATTCTAGTGATCTTCCTCATCACTGGTTCCAAAACCAAGCCCATGGAAGGTCTGCATAGGGATAATGTGGAGAACATGCAAGAGAAATACACATCACCAGCTCCTCAACTCAGAGCTCCAAGGGAATGGCCAAGGAAGCTGTATTGTCCTAAGAAATTTGAGACTGTTTTGACTTACAATAAATCCTGCTCAATCATATGTATGTATACACACACACACAACCACACACACAGACGGTGTTGTCAGTGAAGCCTCTAACAATGCATCTTGACTGGACAGATTTGACAATTAAAATGGCTGGAAGAAAATAGGCTTCATAAGTGTCACTTACTATTCACATTACACATTAAAAGGACATCTCCTAAATTAAATCTTGTCTATGATAAAAAGGCAGAAAATCATGACCCA
    此格式非fasta格式(开头少了一个”>“)
    如何将此格式的大量数据转化为fasta格式?
    或者直接读入matlab?

       收藏   分享  
    顶(0)
      




    点击查看用户来源及管理<br>发贴IP:*.*.*.* 2008/4/12 15:51:00
     
     riverlee2008 帅哥哟,离线,有人找我吗?
      
      
      等级:大一新生
      文章:1
      积分:54
      门派:XML.ORG.CN
      注册:2008/4/17

    姓名:(无权查看)
    城市:(无权查看)
    院校:(无权查看)
    给riverlee2008发送一个短消息 把riverlee2008加入好友 查看riverlee2008的个人资料 搜索riverlee2008在『 生物信息学 』 的所有贴子 引用回复这个贴子 回复这个贴子 查看riverlee2008的博客2
    发贴心情 
    用Bioperl或Biojava吧,多学点没坏处的

    ----------------------------------------------
    共同分享

    点击查看用户来源及管理<br>发贴IP:*.*.*.* 2008/4/17 23:49:00
     
     dongyikun 帅哥哟,离线,有人找我吗?
      
      
      等级:大一新生
      文章:4
      积分:67
      门派:XML.ORG.CN
      注册:2008/1/9

    姓名:(无权查看)
    城市:(无权查看)
    院校:(无权查看)
    给dongyikun发送一个短消息 把dongyikun加入好友 查看dongyikun的个人资料 搜索dongyikun在『 生物信息学 』 的所有贴子 引用回复这个贴子 回复这个贴子 查看dongyikun的博客3
    发贴心情 
    谢谢了
    点击查看用户来源及管理<br>发贴IP:*.*.*.* 2008/4/18 10:30:00
     
     hust512 帅哥哟,离线,有人找我吗?
      
      
      等级:大一(猛啃高等数学)
      文章:17
      积分:121
      门派:XML.ORG.CN
      注册:2009/2/18

    姓名:(无权查看)
    城市:(无权查看)
    院校:(无权查看)
    给hust512发送一个短消息 把hust512加入好友 查看hust512的个人资料 搜索hust512在『 生物信息学 』 的所有贴子 引用回复这个贴子 回复这个贴子 查看hust512的博客4
    发贴心情 
    哈哈,没看懂! 走过留痕!
    点击查看用户来源及管理<br>发贴IP:*.*.*.* 2009/3/1 15:24:00
     
     zhyyjj_811 帅哥哟,离线,有人找我吗?
      
      
      等级:大一新生
      文章:5
      积分:71
      门派:XML.ORG.CN
      注册:2009/1/31

    姓名:(无权查看)
    城市:(无权查看)
    院校:(无权查看)
    给zhyyjj_811发送一个短消息 把zhyyjj_811加入好友 查看zhyyjj_811的个人资料 搜索zhyyjj_811在『 生物信息学 』 的所有贴子 引用回复这个贴子 回复这个贴子 查看zhyyjj_811的博客5
    发贴心情 
    跟我一起学perl吧
    点击查看用户来源及管理<br>发贴IP:*.*.*.* 2009/9/20 19:38:00
     
     GoogleAdSense
      
      
      等级:大一新生
      文章:1
      积分:50
      门派:无门无派
      院校:未填写
      注册:2007-01-01
    给Google AdSense发送一个短消息 把Google AdSense加入好友 查看Google AdSense的个人资料 搜索Google AdSense在『 生物信息学 』 的所有贴子 访问Google AdSense的主页 引用回复这个贴子 回复这个贴子 查看Google AdSense的博客广告
    2024/5/2 10:19:29

    本主题贴数5,分页: [1]

    管理选项修改tag | 锁定 | 解锁 | 提升 | 删除 | 移动 | 固顶 | 总固顶 | 奖励 | 惩罚 | 发布公告
    W3C Contributing Supporter! W 3 C h i n a ( since 2003 ) 旗 下 站 点
    苏ICP备05006046号《全国人大常委会关于维护互联网安全的决定》《计算机信息网络国际联网安全保护管理办法》
    3,718.750ms