[合集]要开lab meeting了
发信人: kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics
标 题: [合集]要开lab meeting了
发信站: 北大未名站 (2003年11月23日10:15:47 星期天), 转信
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作者 lylover (一天一改名&明恋cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月09日03:52:21 星期天), 转信
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属于实验室的年会的。每个人都要做。老板要我做一个关于生物信息的报告，目的就是使
大家能对生物信息产生兴趣。
这个我想了几天，怎么做ppt还是比较犹豫。如果把一个问题说的复杂，比较容易，只要
把目前做的东西说说，基本上实验室连老板一起，就都不知道我在干嘛了。但要是说得太
简单，比如说，用用网上的BLASt之类的工具，大家又会觉得太过简单，这样以后申请经
费的时候，有人就要说：不就是上上网么，买那么好的计算机干吗？
所以还请各位出出主意，讨论一下：
1.怎样能使做实验的人，能了解bioinfo的进展，并对之产生兴趣，但又不会产生误解。
这个，现在我们实验室基本上对bioinfo两种看法，一种是觉得其无所不能，发文章如同
灌水。一种就是觉得bioinfo不能sure一个问题，比如我告诉他，根据计算，这个蛋白可
能是动点，他问我可能性，我说80%吧，他就立即说，不可靠，不可靠。。。是啊，可靠
的话，做实验的还混的下去么？
2.给一个比较简明的pipeline，比如拿到一个新的gene，怎么分析？做结构的朋友推荐个
结构分析的pipeline如何？如果能有些建议，最好不过了。包括数据库的查询，操作，编
程和算法就免了。
3.最重要的是，一般大家做bioinfo用什么机器啊？做结构的用SGI？价格大约多少？有的
好象是用曙光吧？感觉现在计算机不够快，想买新的。这个才是做报告的最最重要的目的
。
拜托。
btw: 咱讨论问题就事论事，不要因此对我有什么成见了。得罪之处，诸位消消气，海涵
。
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月09日04:30:43 星期天), 转信
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这个，第一个问题我觉得是这样的，一方面从理论或者计算模拟的角度解决一个实际问题
本来就很有意义，另一方面现实点的意义我觉得主要是在于对那种有能力做大规模筛选工
作的实验室，对于那类工作理论预测的精度那么再低也是很有意义的。
第二个那就复杂了
第三个就看做什么事情了，计算能力反正总挥霍得掉，但是很多时候挥霍得不一定有意义
机器的操作系统我想linux是首选大概是没有异议，即使在图形方面现在linux在中低端
性价比也比 SGI要强很多，而且现在很多软件都已经或者正在做linux上的移植
【 在 lylover (一天一改名&明恋cinderella) 的大作中提到: 】
: 属于实验室的年会的。每个人都要做。老板要我做一个关于生物信息的报告，目的就是使
: 大家能对生物信息产生兴趣。
: 这个我想了几天，怎么做ppt还是比较犹豫。如果把一个问题说的复杂，比较容易，只要
: 把目前做的东西说说，基本上实验室连老板一起，就都不知道我在干嘛了。但要是说得太
: 简单，比如说，用用网上的BLASt之类的工具，大家又会觉得太过简单，这样以后申请经
: 费的时候，有人就要说：不就是上上网么，买那么好的计算机干吗？
: 所以还请各位出出主意，讨论一下：
: 1.怎样能使做实验的人，能了解bioinfo的进展，并对之产生兴趣，但又不会产生误解。
: 这个，现在我们实验室基本上对bioinfo两种看法，一种是觉得其无所不能，发文章如同
: 灌水。一种就是觉得bioinfo不能sure一个问题，比如我告诉他，根据计算，这个蛋白可
: 能是动点，他问我可能性，我说80%吧，他就立即说，不可靠，不可靠。。。是啊，可靠
: 的话，做实验的还混的下去么？
: 2.给一个比较简明的pipeline，比如拿到一个新的gene，怎么分析？做结构的朋友推荐个
: 结构分析的pipeline如何？如果能有些建议，最好不过了。包括数据库的查询，操作，编
: 程和算法就免了。
: 3.最重要的是，一般大家做bioinfo用什么机器啊？做结构的用SGI？价格大约多少？有的
: 好象是用曙光吧？感觉现在计算机不够快，想买新的。这个才是做报告的最最重要的目的
: 。
: 拜托。
: btw: 咱讨论问题就事论事，不要因此对我有什么成见了。得罪之处，诸位消消气，海涵
: 。
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作者 newjun (闲), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月09日08:08:52 星期天) , 站内信件
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我的意见
第一个问题，主要谈一下生物信息学的意义，当然对于坐实验的人，要强调实验是主要的
，但是生物信息学是必不可少的之类的话。接着可以说以下计算的手段在生物信息学中有
什么应用。最后举一些实际的例子。例子是最有用的，是现身说法，而且大家听得懂。其
实只要大家感兴趣了，具体方法自己会去摸索的。
第二个，pipeline是有的，好像在和付出的那本生物信息学上就有一个新基因的分析图。
我见过，但是看了很后悔自己的银子，看到这儿觉得也值了。还有一个例子，不过结果失
败了。当然还是能够说出一些东西来的。
第三个，做bioinfo用什么机器都有吧，关键是软件支持什么平台，还有计算量的大小。
曙光最近不是推出了一钟生物信息学机器么？不过没有研究过。国内用SGI的比较多，但
是用好的不多。sun的机器上有很多软件支持，好像国外用的比较多。IBM好像用的比较少
，但是最近IBM很专注于这个领域。HP的机器没有这个传统。如果坐结构的华，SGI不错。
主要是显示做得好，运算速度没有PC快，不过很贵呀，而且这东西水分也比较大，具体的
话可以问一下经销商。估计有很多人给你不同的报价。如果低成本的话，集群也不错。不
过人少了就不划算的，管理起集群来比较麻烦。人多了性价比还是挺不错的。一两个人的
话，还要找一个人管理机器，成本就抬高了。
【 在 lylover (一天一改名&明恋cinderella) 的大作中提到: 】
: 属于实验室的年会的。每个人都要做。老板要我做一个关于生物信息的报告，目的就是使
: 大家能对生物信息产生兴趣。
: 这个我想了几天，怎么做ppt还是比较犹豫。如果把一个问题说的复杂，比较容易，只要
: 把目前做的东西说说，基本上实验室连老板一起，就都不知道我在干嘛了。但要是说得太
: 简单，比如说，用用网上的BLASt之类的工具，大家又会觉得太过简单，这样以后申请经
: 费的时候，有人就要说：不就是上上网么，买那么好的计算机干吗？
: 所以还请各位出出主意，讨论一下：
: 1.怎样能使做实验的人，能了解bioinfo的进展，并对之产生兴趣，但又不会产生误解。
: 这个，现在我们实验室基本上对bioinfo两种看法，一种是觉得其无所不能，发文章如同
: 灌水。一种就是觉得bioinfo不能sure一个问题，比如我告诉他，根据计算，这个蛋白可
: 能是动点，他问我可能性，我说80%吧，他就立即说，不可靠，不可靠。。。是啊，可靠
: 的话，做实验的还混的下去么？
: 2.给一个比较简明的pipeline，比如拿到一个新的gene，怎么分析？做结构的朋友推荐个
: 结构分析的pipeline如何？如果能有些建议，最好不过了。包括数据库的查询，操作，编
: 程和算法就免了。
: 3.最重要的是，一般大家做bioinfo用什么机器啊？做结构的用SGI？价格大约多少？有的
: 好象是用曙光吧？感觉现在计算机不够快，想买新的。这个才是做报告的最最重要的目的
: 。
: 拜托。
: btw: 咱讨论问题就事论事，不要因此对我有什么成见了。得罪之处，诸位消消气，海涵
: 。
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作者 hek (From CS to DS), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月09日09:35:28 星期天), 转信
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经验之谈，不要用曙光。我们在用的是SGI，软件是正版的INSIGHT II，感觉还行吧。
至于报告，最好不要回避算法吧，毕竟是生物信息很大的部分。当然你可以侧重于他们
感兴趣的东西。
你的主要方向是结构预测方面？
【 在 lylover (一天一改名&明恋cinderella) 的大作中提到: 】
: 属于实验室的年会的。每个人都要做。老板要我做一个关于生物信息的报告，目的就是使
: 大家能对生物信息产生兴趣。
: 这个我想了几天，怎么做ppt还是比较犹豫。如果把一个问题说的复杂，比较容易，只要
: 把目前做的东西说说，基本上实验室连老板一起，就都不知道我在干嘛了。但要是说得太
: 简单，比如说，用用网上的BLASt之类的工具，大家又会觉得太过简单，这样以后申请经
: 费的时候，有人就要说：不就是上上网么，买那么好的计算机干吗？
: 所以还请各位出出主意，讨论一下：
: 1.怎样能使做实验的人，能了解bioinfo的进展，并对之产生兴趣，但又不会产生误解。
: 这个，现在我们实验室基本上对bioinfo两种看法，一种是觉得其无所不能，发文章如同
: 灌水。一种就是觉得bioinfo不能sure一个问题，比如我告诉他，根据计算，这个蛋白可
: ...........................
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作者 tonydudu (xanadu), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月09日09:35:44 星期天), 转信
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hehe..曙光...最先盖上的机器
【 在 newjun (闲) 的大作中提到: 】
: 我的意见
: 第一个问题，主要谈一下生物信息学的意义，当然对于坐实验的人，要强调实验是主要的
: ，但是生物信息学是必不可少的之类的话。接着可以说以下计算的手段在生物信息学中有
: 什么应用。最后举一些实际的例子。例子是最有用的，是现身说法，而且大家听得懂。其
: 实只要大家感兴趣了，具体方法自己会去摸索的。
: 第二个，pipeline是有的，好像在和付出的那本生物信息学上就有一个新基因的分析图。
: 我见过，但是看了很后悔自己的银子，看到这儿觉得也值了。还有一个例子，不过结果失
: 败了。当然还是能够说出一些东西来的。
: 第三个，做bioinfo用什么机器都有吧，关键是软件支持什么平台，还有计算量的大小。
: 曙光最近不是推出了一钟生物信息学机器么？不过没有研究过。国内用SGI的比较多，但
: ...........................
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作者 wwpeking (nihao), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月09日09:38:23 星期天), 转信
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我只说一点，如何说服你们实验室的人生物信息有用。事实最能说明
问题，你不如举几个例子，比如哪种新药是用生物信息的方法发明的，
哪个基因是预测得到的，等等，还有基因芯片，嘿嘿，没有信息学的
知识我看你怎么搞，很简单的道理嘛。
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作者 hek (From CS to DS), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月09日09:46:32 星期天), 转信
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【 在 tonydudu (xanadu) 的大作中提到: 】
: hehe..曙光...最先盖上的机器
~~~~？？
曙光用的是AIX系统，而这个系统是Unix家族中很奇特和怪异的一个。总之
很奇怪。
如果不想遇到太多（bioinfo）软件编译的问题，建议避开它。
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作者 tonydudu (xanadu), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月09日09:48:46 星期天), 转信
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盖上就是免得让它铺太多尘~ 反正不用
他们的技术支持很差，把AIX改得乱七八糟...
【 在 hek (From CS to DS) 的大作中提到: 】
: ~~~~？？
: 曙光用的是AIX系统，而这个系统是Unix家族中很奇特和怪异的一个。总之
: 很奇怪。
: 如果不想遇到太多（bioinfo）软件编译的问题，建议避开它。
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作者 hek (From CS to DS), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月09日09:59:48 星期天), 转信
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好幽默的说法，呵呵
【 在 tonydudu (xanadu) 的大作中提到: 】
: 盖上就是免得让它铺太多尘~ 反正不用
: 他们的技术支持很差，把AIX改得乱七八糟...
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月09日10:29:00 星期天), 转信
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Nod!
最好再列举一下近期在N&S乃至NG、PNAS上这方面的文章，包管很有说法力了。
【 在 wwpeking (nihao) 的大作中提到: 】
: 我只说一点，如何说服你们实验室的人生物信息有用。事实最能说明
: 问题，你不如举几个例子，比如哪种新药是用生物信息的方法发明的，
: 哪个基因是预测得到的，等等，还有基因芯片，嘿嘿，没有信息学的
: 知识我看你怎么搞，很简单的道理嘛。
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月09日11:26:05 星期天), 转信
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好像没听过有用曙光跑结构的，计算所那边也顶多就是跑跑序列做做大规模的比对。
Insight II所有模块你们都买齐了？ 弓虽 ！不会是用origin 3800吧，^_^
【 在 hek (From CS to DS) 的大作中提到: 】
: 经验之谈，不要用曙光。我们在用的是SGI，软件是正版的INSIGHT II，感觉还行吧。
: 至于报告，最好不要回避算法吧，毕竟是生物信息很大的部分。当然你可以侧重于他们
: 感兴趣的东西。
: 你的主要方向是结构预测方面？
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作者 kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月09日14:02:21 星期天), 转信
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【 在 hek (From CS to DS) 的大作中提到: 】
: 经验之谈，不要用曙光。我们在用的是SGI，软件是正版的INSIGHT II，感觉还行吧。
很慢的机器……
: 至于报告，最好不要回避算法吧，毕竟是生物信息很大的部分。当然你可以侧重于他们
: 感兴趣的东西。
: 你的主要方向是结构预测方面？
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作者 kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月09日14:03:38 星期天), 转信
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【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 好像没听过有用曙光跑结构的，计算所那边也顶多就是跑跑序列做做大规模的比对。
: Insight II所有模块你们都买齐了？ 弓虽 ！不会是用origin 3800吧，^_^
才4个好像，homology都没有买……
:( 是一台O2和一台基本废弃的indy
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作者 Feynman (十万个为什么), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月09日14:21:14 星期天), 转信
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【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
: 才4个好像，homology都没有买……
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~没买太正常了，有免费的干吗不用？
: :( 是一台O2和一台基本废弃的indy
16个CPU吧，已经很强啦
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作者 kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月09日15:01:28 星期天), 转信
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【 在 Feynman (十万个为什么) 的大作中提到: 】
: ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~没买太正常了，有免费的干吗不用？
: 16个CPU吧，已经很强啦
搞笑，是单个cpu的。256M的内存。
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月09日17:55:49 星期天), 转信
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【 在 wwpeking (nihao) 的大作中提到: 】
: 我只说一点，如何说服你们实验室的人生物信息有用。事实最能说明
: 问题，你不如举几个例子，比如哪种新药是用生物信息的方法发明的，
这个，成功的基于结构的药物设计例子很少呀，不过到了近来药物公司
才开始重视起虚拟筛选了
: 哪个基因是预测得到的，等等，还有基因芯片，嘿嘿，没有信息学的
: 知识我看你怎么搞，很简单的道理嘛。
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作者 hitma (黄疯), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月09日22:41:07 星期天), 转信
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【 在 wwpeking (nihao) 的大作中提到: 】
: 我只说一点，如何说服你们实验室的人生物信息有用。事实最能说明
: 问题，你不如举几个例子，比如哪种新药是用生物信息的方法发明的，
: 哪个基因是预测得到的，等等，还有基因芯片，嘿嘿，没有信息学的
: 知识我看你怎么搞，很简单的道理嘛。
狗尾续貂。。。。。。扔文献砸他们
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作者 hitma (黄疯), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月09日22:41:49 星期天), 转信
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【 在 hek (From CS to DS) 的大作中提到: 】
: ~~~~？？
: 曙光用的是AIX系统，而这个系统是Unix家族中很奇特和怪异的一个。总之
: 很奇怪。
: 如果不想遇到太多（bioinfo）软件编译的问题，建议避开它。
re，狂re
公司里的曙光怎么用怎么不习惯
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作者 lylover (一天一改名&明恋cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月09日23:44:54 星期天), 转信
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这几天发飚的人不少啊。。。
坚决不用曙光。
【 在 hitma (黄疯) 的大作中提到: 】
【 在 hek (From CS to DS) 的大作中提到: 】
: ~~~~？？
: 曙光用的是AIX系统，而这个系统是Unix家族中很奇特和怪异的一个。总之
: 很奇怪。
: 如果不想遇到太多（bioinfo）软件编译的问题，建议避开它。
re，狂re
公司里的曙光怎么用怎么不习惯
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作者 lylover (一天一改名&明恋cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日00:03:28 星期一), 转信
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我同意你的观点。我做自己的东西，当然是力图靠PURE的bioinfo来解决问题，不指望依
赖很多实验。想想，哪个人会帮我做实验来验证呢？除非自己做，。。那还不如不做。
我们实验室还做不了large-scale，所以我比较麻烦的。第一点我再想吧。
计算机那就跳好的买。我听说AMD比Interl做bioinfo要好，有这种事情么？另外，买那种
服务器如何？带几个CPU的，就是有人又告诉我，服务器主要是稳定，要牺牲速度。现在
我的CPU最快的是2.4GHz，有没有更快的？听说已经有3.6以上的了，。。。linux与win我
感觉区别不大。perl的代码在哪边都可以照运行不误。mysql也没有区别。linux的lftp性
能极好，win就比较适合听音乐，看文章。。呵呵
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 这个，第一个问题我觉得是这样的，一方面从理论或者计算模拟的角度解决一个实际问题
: 本来就很有意义，另一方面现实点的意义我觉得主要是在于对那种有能力做大规模筛选工
: 作的实验室，对于那类工作理论预测的精度那么再低也是很有意义的。
: 第二个那就复杂了
: 第三个就看做什么事情了，计算能力反正总挥霍得掉，但是很多时候挥霍得不一定有意义
: 机器的操作系统我想linux是首选大概是没有异议，即使在图形方面现在linux在中低端
: 性价比也比 SGI要强很多，而且现在很多软件都已经或者正在做linux上的移植
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作者 Feynman (十万个为什么), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日00:16:49 星期一), 转信
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不作实验，不作large-scale，裸搞。。。
AMD不错的，自己攒的话可以考虑用TYAN的板子，插几个CUP你自己看了，稳定性不是问题
，SGI origin3800我知道有插128个CPU的，很坚挺，这个不会比SGI差到哪里去的。
至于系统，你就老老实实装redhat吧，VM一个win就ok了，反正内存大。。。
【 在 lylover (一天一改名&明恋cinderella) 的大作中提到: 】
: 我同意你的观点。我做自己的东西，当然是力图靠PURE的bioinfo来解决问题，不指望依
: 赖很多实验。想想，哪个人会帮我做实验来验证呢？除非自己做，。。那还不如不做。
: 我们实验室还做不了large-scale，所以我比较麻烦的。第一点我再想吧。
: 计算机那就跳好的买。我听说AMD比Interl做bioinfo要好，有这种事情么？另外，买那种
: 服务器如何？带几个CPU的，就是有人又告诉我，服务器主要是稳定，要牺牲速度。现在
: 我的CPU最快的是2.4GHz，有没有更快的？听说已经有3.6以上的了，。。。linux与win我
: 感觉区别不大。perl的代码在哪边都可以照运行不误。mysql也没有区别。linux的lftp性
: 能极好，win就比较适合听音乐，看文章。。呵呵
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作者 lylover (一天一改名&明恋cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日00:25:29 星期一), 转信
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你难道不知道我是debian的忠实用户者？rh老是问题多多，怎么用怎么不爽。debian升级
方便，安装软件方便。
TYAN的板子能插一把CPU么？我去看看。
【 在 Feynman (十万个为什么) 的大作中提到: 】
: 不作实验，不作large-scale，裸搞。。。
: AMD不错的，自己攒的话可以考虑用TYAN的板子，插几个CUP你自己看了，稳定性不是问题
: ，SGI origin3800我知道有插128个CPU的，很坚挺，这个不会比SGI差到哪里去的。
: 至于系统，你就老老实实装redhat吧，VM一个win就ok了，反正内存大。。。
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日01:08:30 星期一), 转信
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机器还是按照自己需求来把，单CPU2.4G也能干很多事情, 需要什么样的机器取决于
你的计算规模有多大
【 在 lylover (一天一改名&明恋cinderella) 的大作中提到: 】
: 我同意你的观点。我做自己的东西，当然是力图靠PURE的bioinfo来解决问题，不指望依
: 赖很多实验。想想，哪个人会帮我做实验来验证呢？除非自己做，。。那还不如不做。
: 我们实验室还做不了large-scale，所以我比较麻烦的。第一点我再想吧。
: 计算机那就跳好的买。我听说AMD比Interl做bioinfo要好，有这种事情么？另外，买那种
: 服务器如何？带几个CPU的，就是有人又告诉我，服务器主要是稳定，要牺牲速度。现在
: 我的CPU最快的是2.4GHz，有没有更快的？听说已经有3.6以上的了，。。。linux与win我
: 感觉区别不大。perl的代码在哪边都可以照运行不误。mysql也没有区别。linux的lftp性
: 能极好，win就比较适合听音乐，看文章。。呵呵
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日09:43:12 星期一), 转信
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tell your boss to buy cluster
【 在 lylover (一天一改名&明恋cinderella) 的大作中提到: 】
: 我同意你的观点。我做自己的东西，当然是力图靠PURE的bioinfo来解决问题，不指望依
: 赖很多实验。想想，哪个人会帮我做实验来验证呢？除非自己做，。。那还不如不做。
: 我们实验室还做不了large-scale，所以我比较麻烦的。第一点我再想吧。
: 计算机那就跳好的买。我听说AMD比Interl做bioinfo要好，有这种事情么？另外，买那种
: 服务器如何？带几个CPU的，就是有人又告诉我，服务器主要是稳定，要牺牲速度。现在
: 我的CPU最快的是2.4GHz，有没有更快的？听说已经有3.6以上的了，。。。linux与win我
: 感觉区别不大。perl的代码在哪边都可以照运行不误。mysql也没有区别。linux的lftp性
: 能极好，win就比较适合听音乐，看文章。。呵呵
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作者 lylover (一天一改名&明恋cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日12:59:17 星期一), 转信
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我正在考虑用如何的委婉方法。。。
【 在 dayhoff (愤怒的小马) 的大作中提到: 】
tell your boss to buy cluster
【 在 lylover (一天一改名&明恋cinderella) 的大作中提到: 】
: 我同意你的观点。我做自己的东西，当然是力图靠PURE的bioinfo来解决问题，不指望依
: 赖很多实验。想想，哪个人会帮我做实验来验证呢？除非自己做，。。那还不如不做。
: 我们实验室还做不了large-scale，所以我比较麻烦的。第一点我再想吧。
: 计算机那就跳好的买。我听说AMD比Interl做bioinfo要好，有这种事情么？另外，买那种
: 服务器如何？带几个CPU的，就是有人又告诉我，服务器主要是稳定，要牺牲速度。现在
: 我的CPU最快的是2.4GHz，有没有更快的？听说已经有3.6以上的了，。。。linux与win我
: 感觉区别不大。perl的代码在哪边都可以照运行不误。mysql也没有区别。linux的lftp性
: 能极好，win就比较适合听音乐，看文章。。呵呵
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作者 llhx (luckcoming), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日13:50:48 星期一) , 站内信件
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我们须最近刚刚进了联想的 cluster，rh 系统，不过不太稳定。还是sgi的o3800好。我
们有主频600和400的，64cpu，明年进700的。可以肯定sgi的稳定。适合大规模运算。对
于你个人用，还是用单机，或是cluster，速度快。我们好像订购了8台小图形工作站，1
00k/台。专门用来做生物的。需要的话我给你把机器的具体配置和价格，代理商给你。
【 在 lylover (一天一改名&明恋cinderella) 的大作中提到: 】
: 我正在考虑用如何的委婉方法。。。
: tell your boss to buy cluster
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作者 kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日14:50:07 星期一), 转信
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我无语了……怎么那么富啊…………………………
…………………………………………………………
【 在 llhx (luckcoming) 的大作中提到: 】
: 我们须最近刚刚进了联想的 cluster，rh 系统，不过不太稳定。还是sgi的o3800好。我
: 们有主频600和400的，64cpu，明年进700的。可以肯定sgi的稳定。适合大规模运算。对
: 于你个人用，还是用单机，或是cluster，速度快。我们好像订购了8台小图形工作站，1
: 00k/台。专门用来做生物的。需要的话我给你把机器的具体配置和价格，代理商给你。
───────────────────────────────────────
作者 sunzx (no nickname), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日14:50:54 星期一), 转信
───────────────────────────────────────
有钱啊。。。
【 在 llhx (luckcoming) 的大作中提到: 】
: 我们须最近刚刚进了联想的 cluster，rh 系统，不过不太稳定。还是sgi的o3800好。我
: 们有主频600和400的，64cpu，明年进700的。可以肯定sgi的稳定。适合大规模运算。对
: 于你个人用，还是用单机，或是cluster，速度快。我们好像订购了8台小图形工作站，1
: 00k/台。专门用来做生物的。需要的话我给你把机器的具体配置和价格，代理商给你。
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作者 lylover (一天一改名&明恋cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日15:00:28 星期一), 转信
───────────────────────────────────────
倒抽一口冷气。。。。。我们实验室设计SiRNA的时候，都没敢这么疯狂。。。。虽然几
十条SiRNA不算小钱。
给我点资料吧？btw:如果是cluster，是不是要写任务distribution的程序？复杂不复杂
？要是我自己写。。。下辈子吧。
稳定性其实无所谓。咱是个小的group(1 guy),不行就重启。再不行就格盘。
现在当然最好是，便宜，速度快。稳定性？不是最重要的。
【 在 llhx (luckcoming) 的大作中提到: 】
: 我们须最近刚刚进了联想的 cluster，rh 系统，不过不太稳定。还是sgi的o3800好。我
: 们有主频600和400的，64cpu，明年进700的。可以肯定sgi的稳定。适合大规模运算。对
: 于你个人用，还是用单机，或是cluster，速度快。我们好像订购了8台小图形工作站，1
: 00k/台。专门用来做生物的。需要的话我给你把机器的具体配置和价格，代理商给你。
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日15:02:56 星期一), 转信
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我估计你能拿到cluster的钱的可能新 不是很大...
【 在 lylover (一天一改名&明恋cinderella) 的大作中提到: 】
: 倒抽一口冷气。。。。。我们实验室设计SiRNA的时候，都没敢这么疯狂。。。。虽然几
: 十条SiRNA不算小钱。
: 给我点资料吧？btw:如果是cluster，是不是要写任务distribution的程序？复杂不复杂
: ？要是我自己写。。。下辈子吧。
: 稳定性其实无所谓。咱是个小的group(1 guy),不行就重启。再不行就格盘。
: 现在当然最好是，便宜，速度快。稳定性？不是最重要的。
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作者 lylover (一天一改名&明恋cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日15:15:18 星期一), 转信
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咱走着瞧阿，我拿到钱了，任务distribution系统你是不是帮我写个？嘻嘻
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
我估计你能拿到cluster的钱的可能新 不是很大...
【 在 lylover (一天一改名&明恋cinderella) 的大作中提到: 】
: 倒抽一口冷气。。。。。我们实验室设计SiRNA的时候，都没敢这么疯狂。。。。虽然几
: 十条SiRNA不算小钱。
: 给我点资料吧？btw:如果是cluster，是不是要写任务distribution的程序？复杂不复杂
: ？要是我自己写。。。下辈子吧。
: 稳定性其实无所谓。咱是个小的group(1 guy),不行就重启。再不行就格盘。
: 现在当然最好是，便宜，速度快。稳定性？不是最重要的。
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作者 Feynman (十万个为什么), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日15:35:52 星期一), 转信
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大家知道全中国最富的实验室在哪里吗？
有奖征达。。。
【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
: 我无语了……怎么那么富啊…………………………
: …………………………………………………………
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作者 OrangeTree (桔子树), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日15:39:58 星期一), 转信
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【 在 lylover (一天一改名&明恋cinderella) 的大作中提到: 】
: 倒抽一口冷气。。。。。我们实验室设计SiRNA的时候，都没敢这么疯狂。。。。虽然几
: 十条SiRNA不算小钱。
: 给我点资料吧？btw:如果是cluster，是不是要写任务distribution的程序？复杂不复杂
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
用high performence fortran，好像自动并行
: ？要是我自己写。。。下辈子吧。
: 稳定性其实无所谓。咱是个小的group(1 guy),不行就重启。再不行就格盘。
: 现在当然最好是，便宜，速度快。稳定性？不是最重要的。
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日16:38:55 星期一), 转信
───────────────────────────────────────
sgi的东东太慢了，实验室人少还成，人多就不盯了，比如上海药物所那边，就只好每
个人限制每年用多少机时。稳定性跟money密切相关。
【 在 llhx (luckcoming) 的大作中提到: 】
: 我们须最近刚刚进了联想的 cluster，rh 系统，不过不太稳定。还是sgi的o3800好。我
: 们有主频600和400的，64cpu，明年进700的。可以肯定sgi的稳定。适合大规模运算。对
: 于你个人用，还是用单机，或是cluster，速度快。我们好像订购了8台小图形工作站，1
: 00k/台。专门用来做生物的。需要的话我给你把机器的具体配置和价格，代理商给你。
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日16:39:55 星期一), 转信
───────────────────────────────────────
HPC/HPF这些都不太适用，可伸缩性不高
【 在 OrangeTree (桔子树) 的大作中提到: 】
: ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
: 用high performence fortran，好像自动并行
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作者 lylover (一天一改名&明恋cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日17:11:01 星期一), 转信
───────────────────────────────────────
呵呵，多谢。坚定了不买SGI的信念，坚定了买一堆垃圾机子拼cluster的信念，坚定了什
么fortron写乱七八糟系统的信念。
听屋里人说，力学系有一实验室，一把垃圾计算机搞了个cluster，性能强悍。不带显示
器，不带硬盘，1000块/台，也不错了吧？老板只要随手掏一把，撒个5万10万的，咱就发
了。
现在正在很严肃地思考：如何才能让老板掏出钱来。。。难度很大啊。。
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
sgi的东东太慢了，实验室人少还成，人多就不盯了，比如上海药物所那边，就只好每
个人限制每年用多少机时。稳定性跟money密切相关。
【 在 llhx (luckcoming) 的大作中提到: 】
: 我们须最近刚刚进了联想的 cluster，rh 系统，不过不太稳定。还是sgi的o3800好。我
: 们有主频600和400的，64cpu，明年进700的。可以肯定sgi的稳定。适合大规模运算。对
: 于你个人用，还是用单机，或是cluster，速度快。我们好像订购了8台小图形工作站，1
: 00k/台。专门用来做生物的。需要的话我给你把机器的具体配置和价格，代理商给你。
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作者 sunzx (no nickname), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日17:11:59 星期一), 转信
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偶们北大力学系有两个用一坨计算机攒起来的cluster
你可以去问oyel.
【 在 lylover (一天一改名&明恋cinderella) 的大作中提到: 】
: 呵呵，多谢。坚定了不买SGI的信念，坚定了买一堆垃圾机子拼cluster的信念，坚定了什
: 么fortron写乱七八糟系统的信念。
: 听屋里人说，力学系有一实验室，一把垃圾计算机搞了个cluster，性能强悍。不带显示
: 器，不带硬盘，1000块/台，也不错了吧？老板只要随手掏一把，撒个5万10万的，咱就发
: 了。
: 现在正在很严肃地思考：如何才能让老板掏出钱来。。。难度很大啊。。
: sgi的东东太慢了，实验室人少还成，人多就不盯了，比如上海药物所那边，就只好每
: 个人限制每年用多少机时。稳定性跟money密切相关。
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日17:12:26 星期一), 转信
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现在没人管，使用极其不方便
【 在 sunzx (no nickname) 的大作中提到: 】
: 偶们北大力学系有两个用一坨计算机攒起来的cluster
: 你可以去问oyel.
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日17:13:56 星期一), 转信
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cluster不是所有场合都合适的，也不是所有场合性价比都是最高的，
关键是看应用。不过在<100万这个量级，大概只能选择cluster.
【 在 lylover (一天一改名&明恋cinderella) 的大作中提到: 】
: 呵呵，多谢。坚定了不买SGI的信念，坚定了买一堆垃圾机子拼cluster的信念，坚定了什
: 么fortron写乱七八糟系统的信念。
: 听屋里人说，力学系有一实验室，一把垃圾计算机搞了个cluster，性能强悍。不带显示
: 器，不带硬盘，1000块/台，也不错了吧？老板只要随手掏一把，撒个5万10万的，咱就发
: 了。
: 现在正在很严肃地思考：如何才能让老板掏出钱来。。。难度很大啊。。
: sgi的东东太慢了，实验室人少还成，人多就不盯了，比如上海药物所那边，就只好每
: 个人限制每年用多少机时。稳定性跟money密切相关。
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作者 sunzx (no nickname), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日17:14:22 星期一), 转信
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//sigh,就这么荒废了。。。找个人管也行啊，怎么搞的。
当年你架未名用的那个机器是不是也荒废了？
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 现在没人管，使用极其不方便
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作者 chevalier (游侠◎为THU哭泣), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日17:44:23 星期一), 转信
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Zihe Rao!!!
【 在 Feynman (十万个为什么) 的大作中提到: 】
: 大家知道全中国最富的实验室在哪里吗？
: 有奖征达。。。
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作者 lylover (一天一改名&明恋cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日18:26:07 星期一), 转信
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哈哈，还是咱校友有钱，happy啊。。。
【 在 chevalier (游侠◎为THU哭泣) 的大作中提到: 】
Zihe Rao!!!
【 在 Feynman (十万个为什么) 的大作中提到: 】
: 大家知道全中国最富的实验室在哪里吗？
: 有奖征达。。。
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日18:51:29 星期一), 转信
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【 在 sunzx (no nickname) 的大作中提到: 】
: //sigh,就这么荒废了。。。找个人管也行啊，怎么搞的。
佘老师都被大家说火了，所以现在也没折了
: 当年你架未名用的那个机器是不是也荒废了？
现在应该是彻底废了把
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作者 sunzx (no nickname), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日18:52:53 星期一), 转信
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//sigh.
一坨一坨的计算能力就这样荒废了。
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 佘老师都被大家说火了，所以现在也没折了
: 现在应该是彻底废了把
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日19:00:44 星期一), 转信
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还没有完全荒芜掉，只是一没有作业系统，二经常有节点死机，而且停电
什么的事先也不知道，用起来不爽而已
【 在 sunzx (no nickname) 的大作中提到: 】
: //sigh.
: 一坨一坨的计算能力就这样荒废了。
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作者 sunzx (no nickname), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日19:01:21 星期一), 转信
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真的没人管啊？
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 还没有完全荒芜掉，只是一没有作业系统，二经常有节点死机，而且停电
: 什么的事先也不知道，用起来不爽而已
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日19:08:05 星期一), 转信
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现状差不多就是这样子，不过年底中心的机器就该到了, 64节点, 每节点
Xeon 2.4G X 2, 千兆网络, 其中有16节点是Myrinet网。
【 在 sunzx (no nickname) 的大作中提到: 】
: 真的没人管啊？
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作者 lylover (一天一改名&明恋cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日19:57:08 星期一), 转信
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这个，我能不能申请做啊？要是可以的话，给开个账号，俺就在这边做得了。呵呵，机时
费这个好商量吧？就不知道给不给用。
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
还没有完全荒芜掉，只是一没有作业系统，二经常有节点死机，而且停电
什么的事先也不知道，用起来不爽而已
【 在 sunzx (no nickname) 的大作中提到: 】
: //sigh.
: 一坨一坨的计算能力就这样荒废了。
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日21:01:06 星期一), 转信
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mosix
【 在 lylover (一天一改名&明恋cinderella) 的大作中提到: 】
: 咱走着瞧阿，我拿到钱了，任务distribution系统你是不是帮我写个？嘻嘻
: 我估计你能拿到cluster的钱的可能新 不是很大...
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作者 sunzx (no nickname), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日22:09:02 星期一), 转信
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哇!
good~~~~~~~~~~~~~
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 现状差不多就是这样子，不过年底中心的机器就该到了, 64节点, 每节点
: Xeon 2.4G X 2, 千兆网络, 其中有16节点是Myrinet网。
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作者 oyel (let it be), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日22:46:48 星期一), 转信
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管的人出国了，好象
希望有人管起来
【 在 sunzx (no nickname) 的大作中提到: 】
: //sigh,就这么荒废了。。。找个人管也行啊，怎么搞的。
: 当年你架未名用的那个机器是不是也荒废了？
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作者 sunzx (no nickname), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日22:48:08 星期一), 转信
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嗯,没准偶们级有愿意干这个的.
偶去问问吧.
【 在 oyel (let it be) 的大作中提到: 】
: 管的人出国了，好象
: 希望有人管起来
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作者 oyel (let it be), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日22:49:29 星期一), 转信
───────────────────────────────────────
good.由你来管吧，haha
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 现状差不多就是这样子，不过年底中心的机器就该到了, 64节点, 每节点
: Xeon 2.4G X 2, 千兆网络, 其中有16节点是Myrinet网。
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作者 sunzx (no nickname), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月10日22:51:28 星期一), 转信
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如果木有意外的话差不多就是lazy的了吧.
【 在 oyel (let it be) 的大作中提到: 】
: good.由你来管吧，haha
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月11日00:49:01 星期二), 转信
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我们lab主要做计算也就是用一个200台PC评拼的cluster
就是用到做超大的alignment (比如300条EST align 150kb的genomic sequence)
用一台大内存的机器(64G)
一般的工作cluster足够了
【 在 sunzx (no nickname) 的大作中提到: 】
: 偶们北大力学系有两个用一坨计算机攒起来的cluster
: 你可以去问oyel.
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作者 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月11日00:51:33 星期二), 站内信件
───────────────────────────────────────
平时维护复杂否？ 我们实验室的才16PC,很难开足马力。。。
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: 我们lab主要做计算也就是用一个200台PC评拼的cluster
: 就是用到做超大的alignment (比如300条EST align 150kb的genomic sequence)
: 用一台大内存的机器(64G)
: 一般的工作cluster足够了
───────────────────────────────────────
作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月11日00:58:29 星期二), 转信
───────────────────────────────────────
那是有很多别的因素......
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
: 平时维护复杂否？ 我们实验室的才16PC,很难开足马力。。。
───────────────────────────────────────
作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月11日01:49:41 星期二) , 站内信件
───────────────────────────────────────
i guess there are lots of things to take care of
we have one sys admin now, and is hiring another one
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
: 平时维护复杂否？ 我们实验室的才16PC,很难开足马力。。。
───────────────────────────────────────
作者 lylover (一天一改名&明恋cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月11日17:31:55 星期二), 转信
───────────────────────────────────────
接着个帖子，总结一下。
报告已经开做了。起初准备是泛泛而谈。想想又觉得不实用，大家不一定会感兴趣。拿了
chirs.Lee的一个ppt，他对bioinfo的定义，太过于理论化和统计化。所以他的概念，自
己理解就行，跟别人说，很难给别人说明白。
本来是想基于序列和结构的都说说，现在发现，这样的话，几天也不见得讲完，而且没什
么意思。打算的是，结构的我就不管了。lazy，你们实验室有没有人做关于结构bioinfo
的介绍性的ppt？把里面的data部分删掉，给我几个可好？实验室里的要是高兴我就给他
们看看，要是不高兴，我就不瞎扯这个了。完全不懂。。。
基于序列，我打算给几个pipeline，一个是拿到一个新的gene/pro怎么分析，那些资料是
最好拿到的，比如染色体定位，是否疾病相关，功能的初步预测（blast），
functional domain预测，跨膜，signalP,细胞亚定位的预测，ortholog的判别
（reciprocal best hits), paralog的发现（Li WH,if length>150aa,需要有30%以上的
local同源；<150aa,按公式计算需要的同源度），简单的NJ+bootstrap的进化书构建。还
需要哪些？
另一个就是做蛋白质组的cross-validation。比如做蛋白质组，打出100-200个新蛋白，
几百个可能的相互作用，需要验证。显然，如果2-hybrid,GST,His-tag,IP，等等的方法
都应用上，这就完美了，但这需要时间。检验一对蛋白的相互作用，做全套的实验，包括
共定位，表型观察，一年半左右的时间，这还要保佑抗体高效，试剂没有问题。做起来麻
烦很多的。如果需要迅速的判定，bioinfo该怎么做？我的想法是，对每个基因按
pipeline 1一处理一遍，然后找相互作用蛋白的数据库，比如DIP,MIPS，再拿STRING搞一下
，做个判断。我承认：不准确，或者很不准确。但有总比没有好。2-hybrid的假阳性不也
是50%左右么？至少30%跑不掉的，就这样，咱实验室的人还对我说：这个是目前最快，最
有效的鉴定相互作用的方法。。。哑然。
还有一个，做2-hybrid，比如上次lab meeting，有个哥们筛出来49个potential
substrates,然后他就郁闷了。。。他就挑了20个“他感觉很像的”拿去测序了。然后我
就一直在思索，这个感觉很像，可靠否？这个按pipeline 2的方法cross validation一下
，或许有少许的帮助。
各位看看，如果有补充，或者反对，再讨论。
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
i guess there are lots of things to take care of
we have one sys admin now, and is hiring another one
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
: 平时维护复杂否？ 我们实验室的才16PC,很难开足马力。。。
───────────────────────────────────────
作者 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月11日17:54:54 星期二), 站内信件
───────────────────────────────────────
内容太多，应该结合你们实验室实验的东西，在文献上找一些计算对实验相互帮助的例子
，而且实验部分是你们实验室的其它哥们能做的， 同时，少了这个计算， 这个实验就没
法做。 这样就能体现你的bioinfo的价值了。仔细在琢磨一下吧，报告的时间是很宝贵的
，做一个又大又全的背景介绍似乎浪费了不少时间。
【 在 lylover (一天一改名&明恋cinderella) 的大作中提到: 】
: 接着个帖子，总结一下。
: 报告已经开做了。起初准备是泛泛而谈。想想又觉得不实用，大家不一定会感兴趣。拿了
: chirs.Lee的一个ppt，他对bioinfo的定义，太过于理论化和统计化。所以他的概念，自
: 己理解就行，跟别人说，很难给别人说明白。
: 本来是想基于序列和结构的都说说，现在发现，这样的话，几天也不见得讲完，而且没什
: 么意思。打算的是，结构的我就不管了。lazy，你们实验室有没有人做关于结构bioinfo
: 的介绍性的ppt？把里面的data部分删掉，给我几个可好？实验室里的要是高兴我就给他
: 们看看，要是不高兴，我就不瞎扯这个了。完全不懂。。。
: 基于序列，我打算给几个pipeline，一个是拿到一个新的gene/pro怎么分析，那些资料是
: 最好拿到的，比如染色体定位，是否疾病相关，功能的初步预测（blast），
: ...........................
───────────────────────────────────────
作者 lylover (一天一改名&明恋cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 要开lab meeting了
时间 北大未名站 (2003年11月11日20:30:45 星期二), 转信
───────────────────────────────────────
sigh...想啊。这个世界，少了什么活不下去？他不用计算，其实对他影响也不大。因为
老板也不缺课题啊，他看看做着没头绪，不做就是了。要是就是不用bioinfo，也不是做
不下去，顶多是：多花点时间。而且，没准人家运气就是好，随便做个东西就能做出来，
比bioinfo预测好多了。
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
: 内容太多，应该结合你们实验室实验的东西，在文献上找一些计算对实验相互帮助的例子
: ，而且实验部分是你们实验室的其它哥们能做的， 同时，少了这个计算， 这个实验就没
: 法做。 这样就能体现你的bioinfo的价值了。仔细在琢磨一下吧，报告的时间是很宝贵的
: ，做一个又大又全的背景介绍似乎浪费了不少时间。
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2004/9/23 2:05:00
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