另外还想问，如果在后来使用的过程中本体内容发生了变化是不是又要重新往数据库里存一遍？如果直接对数据库里的数据进行修改了，相应本体在protege里是不是也变了？

当本体发生变化的时候，数据库也要有相应的更新。但并不用全部重存一遍。一般来说只要修改变化的部分就可以了。未变化的部分可以保留。这样的变动和你修改一个owl文件其实没有本质的区别。对本体的访问则可以通过SQL查询来实现。

但是这样的处理不是完全没有代价的。最主要的局限性在于关系数据库的表达能力没有本体强，所以保存在数据库中可能会导致信息的丧失。于是这又提出了新的研究课题。现在的思路是找到能够无损保存到数据库中的最为复杂的本体语言。DL-Lite家族的描述逻辑和OWL 2 QL就是这一研究路线的成果。