在我们e-Learning工作中，或者在我们谈如何推广e-Learning的时候，我们会谈其优点更多，比如降低成本，学习灵活（相对的when,where,who等），数字内容的更新灵活，学习的过程和进度的系统记录等，而我们谈其缺点会少的很多。
而真正在我们实施e-Learning的时候，要想成功实施项目，我们更需要了解e-Learning的缺点，这样才能扬长避短，并且通过其他的实施方式来补充学习体系。
e-Learning的缺点是什么？
最大的缺点就是内容上的枯燥，交互不足。相对传统教学而言，面对面的教学会显的生动而有趣的多。在传统的e-Learning课件，特别是视频的三分屏课件中，如果只是把课堂搬到课件中，学员的学习有完全被动，死板等问题。这也是目前大多数课件存在的问题。
解决这个问题就需要我们在课件设计上进行一定程度的弥补。比如在设计上要根据课程的特点进行教学安排，提供教学工具，情景学习等。
第二个问题就是学习的归属感。这种学习的归属感是由于在长期的传统教学中，人们习惯了学习过程中有课堂，同学等传统概念，在初入e-Learning的学员，感觉会尤为强烈，这种感觉会让他们无法体会e-Learning学习灵活的优点。因此，在学员刚刚进行e-Learning学习或者学员的素质不是很高，这反而需要一个引导过程，采用一些传统的教学方式进行混合，逐渐形成e-Learning的学习习惯。同时，在e-Learning的学习管理平台中，能够提供友好的交流工具，增强通过"e"方式的交流。
还有e-Learning的评估问题，评估无论是在传统学习还是e-Learning学习中，对于组织者是对关心的。学习者在e-Learning学习中，常常会由于e-Learning无法监督，以及数字信息获取非常容易，而不是好好珍惜，因此，如果评估做不好，那学习就成了“放羊“，效果无从谈起。在解决这个问题，通过通过学习过程的进度数据以及学习后的测试等方式进行。所以，要求学习管理平台能够很好的跟踪学习记录，而要实现这一点，则需要平台符合标准如（SCROM，IMS，AICC等），而测试始终是e-Learning的痛，因为传统的测试都存在实施中的问题，何况e-Learning.这就需要测试管理系统功能的完善，以及能够结合组织情况进行一些传统测试的结合。
e-Learning的学习方式更多适合在进行基数比较大的基础性学习和技巧性学习，而对于需要角色扮演和思想交互比较多的学习，则需要用团队讨论，现场游戏等方式来进行。
e-Learning的学习方式的缺点和优点都是相对与传统学习方式，只有正确认识在不同的行业，不同的对象，不同的课程的特点，才能合适的选择如何进行e-Learning学习和传统学习的选择和混合。